Molecular diagnosis of species in the lanternfish genus Diaphus

Philippe Borsa (1) , Laurent Millet (1)

1 Institut de recherche pour le développement (IRD), UMR 250 entropi

A large nucleotide-sequence dataset of lanternfish Diaphus spp. (N=627, including 429 sequences from the BOLD and GenBank databases and 198 new sequences from the tropical southwestern Pacific, aligned over 652 bp of the CO1 gene) was collated. Automatic speciesdelimitation approaches pointed to 60 operational taxonomic units (OTUs). Each OTU is here diagnosed by a combination of nucleotides designated by A. Fedosov, G. Achaz and N. Puillandre's MOLD algorithm.

Un jeu de données de séquences nucléotidiques de poissons-lanternes du genre Diaphus (N = 627, dont 429 séquences originaires des bases de données BOLD et GenBank et 198 nouvelles séquences du Pacifique sud-ouest tropical, alignées sur 652 pb du gène CO1) a été constitué. Les approches de délimitation automatique d’espèce ont désigné 60 unités taxonomiques opérationnelles (OTU). Chaque OTU est ici diagnostiquée par une combinaison de nucléotides obtenue à l'aide de l'algorithme MOLD de A. Fedosov, G. Achaz et N. Puillandre.

Mots clés: Lanternfish; DNA barcode; molecular taxonomy

Mots clés: Poisson-lanterne; barcode ADN; taxonomie moléculaire

Domaines: Génétique des populations [q-bio.PE]

Philippe Borsa, Laurent Millet. Molecular diagnosis of species in the lanternfish genus Diaphus. [Research Report] Institut de recherche pour le développement. 2022. ⟨hal-03696021⟩