RITHMS : An advanced stochastic framework for the simulation of transgenerational hologenomic data

Solène Pety (1, 2) , Ingrid David (3) , Andrea Rau (4) , Mahendra Mariadassou (5)

1 MaIAGE - Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas]
2 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
3 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
4 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
5 MaIAGE - Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas]

R Implementation of a Transgenerational Hologenomic Model-based Simulator (RITHMS) is a framework for simulating transgenerational hologenomic data that relies on MoBPS features for genomic data, accounts for the particularities of microbiota transmission, uses real genomic and microbiota data to construct a base population, and is flexible enough to cover a variety of scenarios defined by heritability, microbiability, and microbiota heritability.

Mots clés: Holobiont; genotypes; microbiome data; simulation framework; agro-ecology

Domaines: Méthodologie [stat.ME]; Génétique animale

Solène Pety, Ingrid David, Andrea Rau, Mahendra Mariadassou. RITHMS : An advanced stochastic framework for the simulation of transgenerational hologenomic data. Journées scientifiques du PEPR Agroecologie et Numèrique, Jan 2025, Dijon, France. ⟨hal-04879838⟩