Rapid SARS-CoV-2 variants spread detected in France using specific RT-PCR testing

Détection d'une propagation rapide des variants SARS-CoV-2 à l'aide tests RT-PCR spécifiques

Stéphanie Haim-Boukobza (1) , Bénédicte Roquebert (1) , Sabine Trombert-Paolantoni (1) , Emmanuel Lecorche (1) , Laura Verdurme (1) , Vincent Foulongne (2) , Christian Selinger (3) , Yannis Michalakis (3) , Mircea T Sofonea (3) , Samuel Alizon (3)

1 Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône]
2 Laboratoire de Virologie [CHRU Montpellier]
3 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle

SARS-CoV-2 variants raise major concerns regarding the control of COVID-19 epidemics. We analyse 40,000 specific RT-PCR tests performed on SARS-CoV-2-positive samples collected between Jan 26 and Feb 16, 2021. We find a high transmission advantage of variants and show that their spread in the country is more advanced than anticipated.

Domaines: Modélisation et simulation; Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]; Santé; Biodiversité et Ecologie; Systématique, phylogénie et taxonomie; Evolution [q-bio.PE]; Virologie; Santé publique et épidémiologie; Génétique des populations [q-bio.PE]; Ecosystèmes; Interactions entre organismes

Stéphanie Haim-Boukobza, Bénédicte Roquebert, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, et al.. Rapid SARS-CoV-2 variants spread detected in France using specific RT-PCR testing. 2021. ⟨hal-03150819v1⟩